تستخدم المكتبة في تنظيم أوعية معلوماتها ومعالجتها نظاماً عالمياً متطوراً وهو نظام MINISIS بنسخته الجديدة M2L الذي يستخدم في تصنيف الوثائق وفهرستها وتكشيفها ومعالجتها آلياً. وقد استطاعت المكتبة بإدخال هذا النظام أتمتة جميع وظائفها وخدماتها، ابتداء من عملية التزويد ومروراً بالفهرسة والتصنيف والإعارة والدوريات وانتهاء بإرسال المعلومات إلى المستفيدين والباحثين بواسطة البريد الإلكتروني . وأصبح بإمكان الطلبة والمدرسين الاتصال مع المكتبة من أماكن تواجدهم في الحرم الجامعي عن طريق شبكة المعلومات الداخلية ( Intranet ) ومن الخارج بواسطة شبكة الإنترنت ( Internet ) وبذلك أصبحت مكتبة جامعة فيلادلفيا أول مكتبة أردنية تضع قواعد بياناتها على شبكة الإنترنت كما قامت المكتبة بإنشاء مكتبة إلكترونية تشمل على (32) جهاز حاسوب إلى جانب (75) جهازاً آخر موزعة في جوانب المكتبة المختلفة وجميع مرتبطة بشبكة الإنترنت لأغراض البحث والتدريس والتدريب.