يھدف برنامج الماجستير في ھندسة الميكاترونكس لتحقيق ما يلي:
- إعداد وتأھيل مھندسين متخصصين قادرين على التعامل مع نظم حديثة، تجمع بين تخصصات ھندسية متعددة .
- تفعيل وتشجيع البحث العلمي في مجالات ھندسة الميكاترونكس من خلال انجاز مشاريع بحثية تطبيقية والإستفادة منھا في خدمة المجتمع وتطوير قطاع الصناعة.
- فتح المجال أمام الطلبة غير الأردنيين لمتابعة دراساتھم العليا في ھذا التخصص مما يسھم في تعزيز التبادل الثقافي بين الاردن والبلدان الاخرى.