تأسس برنامج الماجستير في علم الحاسوب في عام 2005 بخطط دراسية تحقق أحدث المعايير العالمية (مثل ACM و IEEE) وتغطي الجوانب النظرية والبحثية والعملية في علم الحاسوب مثل أمن المعلومات، الشبكات، البرمجيات، الأنظمة الذكية وغيرها.
ويطرح البرنامج خططا دراسية ضمن المسارين الشامل والرسالة